La flûte traversière semble être l'un des plus anciens instruments de musique; On trouve, dès l’ère paléolithique, de nombreuses traces de flûtes en os, percées ou non de trous. Parmi les plus anciennes que l’on ait découvertes, celles d’Isturitz (Pyrénées, 20 000 ans environ av. J.-C.).
Elle est vraisemblablement apparue en chine vers 2700 avant J-C.
On trouvait aussi des flûtes chez les egyptiens(droite et oblique) et chez les grecs qui jouaient surtout de la flûte dans la musique populaire, alors que les anches étaient réservées à la musique officielle et sacrée.

Le moyen âge

Toutefois, l'évolution la plus importante dans l'histoire de la flûte moderne commence au Moyen Âge.
Vers le XIIe siècle, de l’Orient(empire byzantin), par l’Europe centrale, nous arrivent les flûtes traversières et les flûtes à bec.La flûte taversière est appelée flûte allemande(car apparue d'abord dans les terres allemandes) pour entre autre la distinguer des autres formes de flûtes comme la flûte à bec.

La renaissance(1500-1600)

La renaissance est une periode au cours de laquelle les flûtes se multiplient; les premiers grands luthiers proposent un large eventail: trois membres de la famille des flûtes traversières plus le fifre, éventail qui se déploie jusqu’à neuf dans la famille des flûtes à bec et dont les dimensions vont de 10 cm à 2,64 m de longueur. L'on trouve aussi des familles de flageolets et de flûtes en quatre et huit pieds (en quatre pieds, c’est-à-dire sonnant à l’octave aiguë de la flûte ordinaire).
La sonorité de la flûte est pleine, douce, et se marie admirablement avec la plupart des instruments de l’époque.
Toutefois, jusqu'au XIXe siècle, elle n'est pas très populaire : elle joue plutôt faux ! En effet, les trous étaient placés là où ils étaient facilement accessibles par le flûtiste, et non pas là où ils rendaient le son le plus juste. En plus, il n'y a pas beaucoup de trous et les doigtés en deviennent très compliqués.

Le baroque et le classique(1600-1810)

Pendant des années, des musiciens ont essayé de remédier à cela, mais les premières transformations majeures apportées à la flûte traversière sont dues à la famille française Hotteterre, durant la première moitié du XVIIIe siècle. Jacques Martin Hotteterre coupe la flûte en 3 morceaux : la tête (avec l'embouchure), le corps qui comporte la plupart des trous) et la patte (qui conserve quelques trous). La flûte actuelle est encore divisée en trois parties. Sa conception de la flûte, qui ajoute la clef de ré dièse, rend la flûte plus populaire et, dès lors, certains autres instruments suscitent moins d'intérêt, notamment la flûte à bec. Hotteterre modifie également la forme du tube pour donner un meilleur son à la flûte.
Toutes ces flûtes sont d’une sonorité plus colorée grâce à l’emploi des fourches et permettent une grande agilité. Ces instruments se répandent dans l’Europe entière. La flûte gagne peu à peu en populatrité, et des compositeurs écrivent de plus en plus pour elle, notamment Telemann et Bach.
En 1720, deux clés supplémentaires sont ajoutées. Quelques années plus tard, un célèbre flûtiste, Quantz, ajoute une clef de plus pour le do dièse sur le pied. Durant les quelques décennies suivantes, d'autres clefs sont ajoutées. À cette période, des compositeurs ecrivent pour la flûte, comme Mozart et François Devienne, avec de célèbres concertos et sonates. Un flûtiste, Meyer, crée un système avec 8 clefs, et d'autres flûtes à 4 et 6 clefs apparaissent dans la musique symphonique de Mozart et Haydn.

Theobald Boehm et la flûte moderne

Au début des années 1800, un flûtiste virtuose allemand, Theobald Boehm (1794 - 1881) de Munich, arrive sur le devant de la scène, et c'est là que la flûte évolue réellement. Dans les années 1830, il repense entièrement la structure de l'instrument. Il rétablit le corps cylindrique de la flûte et applique un ingénieux système mécanique encore utilisé de nos jours : il a cherché la meilleure taille et la meilleure position pour chacun des trous et a dessiné des clés qui ont permis de jouer de la flûte en simplifiant les doigtés. Sa flûte, faite de métal pour obtenir une sonorité plus brillante, a donné la flûte moderne, et son système a rapidement été utilisé partout dans le monde et appliqué à d'autres instruments de la famille des bois, comme la clarinette. Alors que les premières flûtes traversières avaient un simple trou circulaire, on constata qu'un trou ovale produisait une sonorité vibrante. La flûte actuelle est munie d'une plaque d'embouchure qui aide à diriger la colonne d'air.